İç bölüm: Enderun
Dış bölüm: Birun
olarak isimlendirilirdi.
Ayrıca Harem olarak bilinen bölümde mevcuttu.
Sarayın nizamı, mekânları bu teşkilata göre düzenlenmişti. Bu üç bölümde hükümdarın özel hizmetleri kadar kamu hizmetleri de görülmekteydi. Sarayın Babüssaade denilen kapısından itibaren hükümdarın özel ikametgâhı başlar ve buradan itibaren vezir-i azam dâhil olmak üzere kimse izin almadan girememekteydi. Babüssaade’den içerideki üçüncü avluya Enderun veya Harem-i Hümayun denilmekteydi. Burada Enderun halkına ait odalar ve koğuşlar bulunmaktaydı. Padişahın özel dairesi olan Harem’de Enderun’un bir parçası halindeydi.
Sarayın birinci avlusunda, yani Bab-ı Hümayun ile Orta Kapı arasında Birun erkânı denilen, saraya mensup görevlilerin odaları bulunmaktaydı. Birun yönetimin asıl merkeziydi ve hükümdarın dış dünya ile olan ilişkilerini sağlayan hizmetlerden sorumlu olmaktaydı. Dolayısıyla sarayın bu üç bölümünde, her birisinin kendisine mahsus teşkilatı ve kanunları, terbiye sistemleri olmaktaydı. Buradaki kanun ve kaidelere padişahlarda riayet etmekteydi.